Tento Seriál vyplňuje děj mezi Epizodou II a Epizodou III kdy v galaxii zuřily Klonové Války. Armáda klonových vojáků vyslaná Republikou a vedená rytíři Jedi má za úkol zastavit útoky droidů, za kterými i nyní stojí tajemný hrabě Dooku, který má mocné spojence a společně tak představují hrozbu nejen pro Rebuliku, ale i pro celou galaxii. I nyní sledujeme osudy Mistra Obi-Wana Kenobiho a jeho učedníka Anakina Skywalkera, kteří bojují po boku ostatních rytířů Jedi a jsou tak silnou oporou jednotkám Klonů. Seriál se však nevěnuje pouze jim a setkáme se zde s celou řadou dalších významných postav (Mace Windu, Yoda, Dooku, Grievous, Padmé, Ki-Adi Mundi), se kterými jsme už měli tu čest, ale jsou tu postavy zcela nové, o kterých není ve filmech ani zmínka, avšak v příběhu hrají velice důležitou roli (Durge, Assaj Ventress). I přesto že je film hlavně o válce klonů, tím nejdůležitějším je Anakinovo pasování na rytíře Jedi, které se může označit jako jeden z mnoha milníků hexalogie hvězdných válek. Star Wars: Clone wars jsou doplňující složkou nové trilogie a vysvětlují řadu událostí, které nám pomohou lépe se orientovat v nastávající epizodě III.
